微生物制剂的作用
正常情况下动物体内存在大量细菌，但在某一阶段只有一种或几种能够形成优势种群，各种菌群的不断更迭形成了一种动态的生态平衡进而影响虾的健康状况。这种平衡会因为致病菌的入侵，水体环境或饵料突然改变而遭到破坏。如果破坏程度很大，已经超出了虾本身的承受能力就会发生应激反应，造成虾的免疫能力下降，导致生长障碍甚至暴发流行性疾病。
微生物制剂的作用机理
(1)促生长作用:微生物制剂本身含有大量营养物质，同时在其生长繁殖过程中产生多种维生素，有机酸，微量元素等营养物质能够供动物机体直接利用。
(2)提高饵料利用率:有的有益菌如酵母菌在正常代谢过程中能够产生消化酶，这些酶有助于动物消化饵料，促进饵料的转化吸收，从而降低饵料系数。
(3)防治病害的发生:有益微生物能够和致病菌发生竞争作用，主要是竞争动物肠道的结合点，同时争夺其生长所需的营养物质。另外在对虾肠道中的有益微生物主要是厌氧的也就是不需要氧气的，而大部分有害菌则需要氧气，所以芽孢杆菌等有益微生物进入肠道后会消耗部分游离氧气，给有益菌创造了一个良好的生长环境，从而保持了肠道黏膜的完整性(这一点对鱼同样重要，因为有很多疾病是由肠道引起的或致病菌首先是由肠道侵入的)。从而可有效的防止细菌病和病毒病的发生。
(4)增强机体的免疫力:微生物制剂能够通过加强白细胞的吞噬能力提高虾的非特异性免疫，增强虾的抗应激能力。
(5)调节水质:光合细菌能够利用水中的氨氮，亚硝酸盐，硫化氢等有害物质。而芽孢杆菌则主要分解水中大分子有机物为小分子物质，并由其它有益菌进一步转化为供藻类吸收利用的营养物质，促进藻类繁殖。而藻类的繁殖又反过来能为微生物提供生长所必须的氧气。所以二者之间是相辅相成，相互促进的，构成了一个良性循环。但我们也应看到一或某个环节受阻，它们之间就会相互制约。
影响微生物制剂使用效果的因素
①氧对微生物的影响，要想微生物制剂能够达到最好的效果，首先必须要知道它的生存条件，亚硝化菌，硝化菌，芽胞杆菌都是好氧菌，只有在溶氧充足的条件下才能快速繁殖，所以在使用时要水体溶氧，加开增氧机并配合使用纳米氧，否则即使用量很大于溶氧低也不会有很高的成活率，从而影响效果，芽孢杆菌还会因氧量大，而使鱼虾浮头，所以溶解氧是非常关键的。光合细菌的生存条件是需要光照，无氧。所以在水肥、水的透明度低、溶氧高时使用光合细菌意义不大。
②有害物质和微生物制剂的关系，如氨氮、亚硝酸盐、硫化氢或有机物的存在是必要的，因为这些物质是活菌生存的条件，活菌只有以这些物质为基础才能生存繁殖。所以-些新池塘，水瘦，有机物少时使用活菌效果不好。
③活菌的代谢产物必须要找到出路，如硝酸盐过多而没有能够被藻类利用，大量积累，阻断了物质循环，反应将会逆向进行，硝酸盐又会重新被转化为亚硝酸盐，达不到预期效果。所以我们在处理氨氨或亚硝酸盐过高时，不要抱有单纯依靠一种药物能够彻底降解的心理，而是要找出原因，对症下药，这样才能收到较好的结果。但有点要牢记，那就是溶氧的高低和藻类的状况，其中溶氧是根本。
在使用微生物制剂时注意事项
①不能和抗生素或消毒剂类药物共同使用，最少间隔时间要两天以上，因为此类药物能够杀死多种有益微生物。近年有人试着用生产抗生素的下脚料来培养芽孢杆菌或乳酸菌等有益菌，这样能够选择出具有抗某种抗生素的菌种，之后这些菌种在应用中就可以和某些特定抗生素合用，扩大了它们的应用范围，但它的缺点是不能匹抗所有种类的抗生素因为我们知道抗生素的种类很多并且作用机理也大不相同，所以此项研究还有待于进一步改进。
②使用时间最好选择在晴天中午，因为温度高，活菌的繁殖速度快。使用前最好用红糖等糖类进行激活，这样能够加速有益菌的复苏与繁殖速度，提高使用效果。
③由于大多有益菌均为耗氧菌(如芽孢杆菌,硝化菌或亚硝化菌等),所以在使用的时候要经常开动增氧机或配合使用纳米氧能够有效提高其成活率和繁殖速度。尤其是增氧机的配备较少或池水过深时，配合使用纳米氧，效果极佳。
④当虾患有纤毛虫病或水中有大量轮虫、枝角类等浮游动物时，活菌制剂要谨慎使用，因为这些活菌都是他们的优质饵料，使用后有可能加重病情甚至造成转水。待病情完全好转后，可正常使用。
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